Adicionar este trecho no arquivo functions.php do tema. Com isso, categorias que não possuem nenhum produto não serão exibidas.
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* Ocultando categorias vazias do Woocommerce
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*/
add_filter( 'woocommerce_product_categories_widget_args', 'bbloomer_hide_empty_terms' );
function bbloomer_hide_empty_terms( $args ) {
$args['hide_empty'] = true;
return $args;
}