O .htaccess é um arquivo especial para o Apache. Quando um usuário está navegando por alguma página do seu servidor Apache, para todo diretório que ele tentar acessar (e se o servidor estiver configurado para isso), o Apache procura pelo tal do .htaccess e se encontrar, verifica alguma restrição ou liberação para o usuário.
O site Perishable Press, disponibilizou uma completa coleção de possíveis configurações que você pode fazer em um arquivo .htaccess. Confira.
Veja também: http://www.devin.com.br/htaccess/